Witam, myślę, że jest to możliwe automatycznie za pomocą makra VBA.
Prawdopodobnie będzie to ta instrukcja, która zostanie użyta: http://help.solidworks.com/2014/English/api/epdmapi/epdm.interop.epdm~epdm.interop.epdm.iedmrawreferencemgr.html
I jest nawet przykład: http://help.solidworks.com/2014/English/api/epdmapi/Update_File_Raw_References_Example_VBNET.htm
Możliwe jest utworzenie makra, które zrobi to dla określonego pliku, a nawet dla wszystkich plików w repozytorium.
Jako wprowadzenie do VBA polecam makro, które zrobiłem, w którym skomentowałem każdy wiersz, aby uzyskać więcej zrozumienia: