Je pencherai plus pour la seconde solution en y ajoutant les mises en plans aux mêmes emplacements que les pièces ou les assemblages dont elles sont issues (avec les mêmes noms).
Mais il est difficile de choisir à votre place, ne connaissant pas votre secteur d’activité (Quid des pièces communes, hors bibliothèque, par projet ?).
Nous faisons de la conception de machines spéciales avec des assemblages de plus de 3000 pièces, avec une reprise d’« ancienne » pièces ce qui nous fait 300 à 400 nouvelles pièces / assemblage par nouveau projet. Le dossier unique deviendrait gros très rapidement.
Pour des questions pratiques il faut limiter le nombre de fichiers dans le même répertoire.
On n’en a pas des millions (surement moins d’un millier) dans certains répertoires et ça mouline déjà pas mal au niveau du temps d’affichage des icônes.
EPDM va aussi chercher toutes les infos à affricher si on a la vue complète (propriété, date de modif, état…) . Ceci explique sûrement cela
Comme dit par @Maclane, celà dépends de votre manière de travailler, de votre secteur d’activité, de l’historique de votre société, etc etc …
A la limite, nous pouvons donner notre avis d’extérieur si vous avez des hésitations. Mais comme je dis souvent, le penseur n’est pas le payeur !
Celà dit, j’ai comme l’impression que le choix est déjà fait dans votre tête de toute façon