Ich habe dieses Problem auch (Teile werden als gelöscht markiert und erscheinen daher im Baubaum grau), wenn ich Baugruppen erneut öffne. Dies ist hauptsächlich der Fall, wenn eine Baugruppe falsch geschlossen wurde (oder SolidWorks abgestürzt ist). In den Ordnern, in denen sich die Dateien befinden (Dateien, die mit einem "~" beginnen), sind noch temporäre Dateien geöffnet. Alles, was Sie tun müssen, ist, sie manuell zu löschen, und alles läuft wieder normal.
Ich weiß nicht, ob das genau das Problem ist, das Sie haben.