J'ai aussi ce problème (les pièces sont notées comme supprimées et donc apparaissent en gris dans l'arbre de construction) lors de la réouverture d'assemblages. C'est principalement après qu'un assemblage ai été mal fermé (ou que solidworks a planté). Il reste des fichiers temporaires d'ouverts dans les dossiers où sont les fichiers (les fichiers commençant par un "~"). Il suffit de les supprimer manuelement pour que tout redevienne normal.
Je sais pas si c'est excatement ce problème que vous avez.