Ik heb ook dit probleem (onderdelen zijn gemarkeerd als verwijderd en verschijnen daarom grijs in de build-boom) bij het heropenen van assemblages. Dit is voornamelijk nadat een assemblage verkeerd is gesloten (of solidworks is gecrasht). Er zijn nog tijdelijke bestanden open in de mappen waar de bestanden zich bevinden (bestanden die beginnen met een "~"). Het enige wat je hoeft te doen is ze handmatig te verwijderen en alles wordt weer normaal.
Ik weet niet of dat precies het probleem is dat je hebt.