Mam też ten problem (części są oznaczone jako usunięte i dlatego pojawiają się na szaro w drzewie kompilacji) podczas ponownego otwierania złożeń. Dzieje się tak głównie po nieprawidłowym zamknięciu złożenia (lub po awarii solidworks). W folderach, w których znajdują się te pliki, nadal są otwarte pliki tymczasowe (pliki zaczynające się od "~"). Wszystko, co musisz zrobić, to usunąć je ręcznie i wszystko wróci do normy.
Nie wiem, czy to jest dokładnie ten problem, który masz.